Z punktu widzenia problemu bezdomności zwierząt nie jest istotna technologia znakowania, lecz praktyczny użytek jaki można z niej zrobić. System wprowadzany obecnie w skali kraju identyfikuje zwierzę z dokumentem (paszportem) niezbędnym przy wywożeniu zwierzęcia do krajów Unii Europejskiej. Ponieważ zwierzęta bezdomne nie noszą paszportów, więc system znakowania może przeciwdziałać bezdomności tylko przez identyfikację zwierzęcia z zapisem w rejestrze danego weterynarza lub rejestrze dostawcy sprzętu do znakowania. Problem polega na tym, że nie ma publicznego rejestru, a dane osobowe właściciela są chronione.
O znalezionym zwierzęciu można zatem poinformować administratora danego rejestru, nie można natomiast ustalić danych właściciela publicznie, np. w celu wyegzekwowania opieki nad zwierzęciem.
Mikrochipowe systemy znakowania są liczne i miały od początku zastosowanie lokalne, a po ich standaryzacji technicznej (norma ISO-11785) mogą mieć zastosowanie publiczne zależne od tego, czy i jak funkcjonować będą publiczne systemy rejestracji.
Jeśli system taki wprowadzany jest np. w skali gminy, to może on przeciwdziałać bezdomności przy założeniu, że wszystkie zwierzęta w gminie będą systematycznie znakowane, dane o właścicielach będą jawne z urzędu i uaktualniane na bieżąco, a ponadto gmina jest w stanie wyegzekwować opiekę właścicieli. Zaś sąsiednie gminy postępują podobnie.
Spełnienie tych założeń nastręcza trudności w zupełnie innej skali i innej natury niż sama technologia znakowania. Można oczekiwać, że tam gdzie nie sprawdza się system numerków przyczepianych do obroży, tam nie sprawdzi się z tych samych powodów również system chipowania.
Aby ocenić praktyczny pożytek z komputerowych systemów rejestracji wystarczy sięgnąć do bogatych doświadczeń z systemem identyfikacji i rejestracji zwierząt gospodarskich.
Dlatego mikrochipy nie stanowią same przez się metody rozwiązywania problemu bezdomnych zwierząt. Stanowić mogą natomiast ułatwienie odnajdywania zwierząt, które miały dobrą opiekę (na tyle dobrą, że zostały poddane chipowaniu), przypadkowo zaginęły i są rzeczywiście poszukiwane. Niestety, sytuacje takie stanowią tylko drobny margines problemu bezdomnych zwierząt w Polsce.